Fernandezian bao gồm cả quần đảo Juan Fernández là một vùng thực vật. Nó là vương quốc thực vật Nam Cực nhưng cũng thường được bao gồm trong Vương quốc thực vật Trung và Nam Mỹ. Được công nhận là Khu dự trữ sinh quyển thế giới từ năm 1977, hòn đảo có tầm quan trọng trong khoa học bởi các họ, chi và loài động thực vật đặc hữu. Trong số 211 loài thực vật bản địa, có 132 loài đặc hữu, trong đó có cả chi Lactoridiaceae.

Về động vật, đây là nơi có mặt của loài Chim cánh cụt Magellan,[14] đặc biệt là sự có mặt của loài chim ruồi mào lửa Juan Fernández đang bị đe dọa cực kỳ nguy cấp và loài Hải âu Masatierra, loài chim được đặt theo tên cũ của hòn đảo.[15]
Trên đảo còn có 230 loài côn trùng.[15]